Задачи 1. Из базы данных GPMDB получить список экспериментов, выполненных методом аффинной очистки (AP-MS).
• Убедиться в специфичности экспериментов;
• Проверить, что эксперименты выполнены для белков человека.
2. Для каждого эксперимента получить список белков, детектированных в нем и перечень пептидов, по которым идентифицировали белки. Удалить белки, которые были идентифицированы по критериям, не удовлетворяющим требованиям HUPO (
http://www.thehpp.org/guidelines/). Разделить идентифицированные белки на канонические изоформы, сплайс-изоформы и те, где невозможно определить изоформу.
3. Для каждого белка построить его интерактомный профиль: перечень белков, с которыми он был идентифицирован в одних и тех же экспериментах.
4. Выявить случаи, в которых интерактомный профиль канонической и сплайс-изоформы существенно отличаются. Предоставить гипотезу биологического значения этого различия.
Требования/пожелания к участникамНавык работы с базами данных – формирование запросов в автоматическом режиме.
Владение языком программирования для автоматической обработки текста.
Понимание особенностей дизайна масс-спектрометрических экспериментов, в частности экспериментов с использованием афинной очистки (AP-MS).
Знание строения, структуры белков и методов их идентификации.
Понимание структуры и умение работать с такими ресурсами как UniProt, GPMDB.
Навык статистической обработки данных.
ПРЕЗЕНТАЦИЯ